Концерн оснащает АЭС комплексами установок по переработке РАО, реконструирует существующие и создает на территориях АЭС новые хранилища РАО, обеспечивающие экологическую безопасность АЭС в течение всего периода их эксплуатации. Вся работа по извлечению, переработке и кондиционированию накопленных и поступающих РАО на АЭС осуществляется в соответствии с федеральным законодательством.
На АЭС применяются следующие методы переработки и кондиционирования РАО: глубокое упаривание, цементирование, ионоселективная очистка, сжигание, прессование, плавление, фрагментация.